Tekintettel arra, hogy a multimédia a non-linearitáson alapul, így az alkalmazások struktúrája sajátságos. A tartalom több fejezetre (menüpontra) bontható, csakúgy, mint egy tankönyv. A fejezeteken belül helyezkednek el az alfejezetek (almenüpontok), valamint az információt tartalmazó lapok. Amennyiben fogalmakat bővebben akarunk kifejteni, úgy azokat forró szavak (hotword) révén lehet részletesen bemutatni. A fejezeten belüli információkat tagolni, majd logikailag el kell helyezni. Ezt a lapok közötti navigáció szabályzásával lehet megvalósítani. Meg kell tervezni felületeken az interakció céljait szolgáló nyomógombokat, ill. kereteket (lapozás előre, utoljára megtekintett dia, lapozás vissza, fejezetre, kulcs szavakra (ikonokra) történő ugrás, médialejátszó stb.)
A programban történő mozgás megtervezésekor az oldalak közötti mozgást kívánjuk megvalósítani a képernyő elhelyezkedő megfelelő irányba mutató nyilakkal, grafikus elemekkel.
A programstruktúra tervezése során szem előtt kell tartani, hogy a megjelenítendő tartalmaknak van egy kialakult sorrendje. A multimédiás tananyagokban azonban nem csupán a menüpontok, és alegységeik (modul, nodus, atomi egység) alkotják.

1. A produkció rendszerint egy hatásos (dinamikus, attraktív) bejelentkező képpel (intro) kezdődik mely tájékoztatja a felhasználót a program címéről. Ezen a szinten ajánlatos egy elektronikus névjegy (about) bemutatása, mely alapján a készítő információkhoz (elérhetőségét, referenciák) juthatnak a felhasználók a szerzőkről.
2. Ezt követi a köszöntés, amely felhasználót az alkalmazás céljáról tájékoztatja. Az alkalmazásokban ezen a szinten ajánlatos megjeleníteni a súgót (help), valamint egy demonstrációs lejátszást alkalmazni, annak érdekében, hogy a felhasználó könnyen el tudja sajátítani az navigációt, ill., meg tudja tanulni a használatot.
3. A következő - a főmenü - oldal teszi lehetővé a fejezetek közül való választást.
A multimédiás produkciók belső szerkezetét mindig menüpont egységek alkotják, amelyek modulokból, ezek pedig nodusokból (lap, csomópont) állnak.

4. A tantárgyi témák, modul egységek az egyes foglalkozások gyűjtőpontjai.

5. A nodusok állhatnak egy vagy több képből, vagy mozgó epizódokból, hangjelenségekből, vagy anélkül. Azt, hogy az audiovizuális információ hogyan jelenik meg egy nodusban, attól függ, hogy az adott környezetben hogyan kerül bemutatásra egy ismeretanyag. A nodusok alkotják a modulokat. A multimédiában a tanulók számára e moduloknak jól tanulhatóknak kell lenniük. Ennek pedig az a feltétele, hogy olyan egységeket, nódusokat tartalmazzon, amelyekben az ismeretanyag pontosan le van írva, és könnyen hozzáférhetők.
6. Az epizódok másképpen atomi elemek alkotják hivatkozások legalsó szintjét a nódusokat építik fel. Az epizódok mérete összefügg a nódus méretével a hiper- és a multimédiában is. Céljuk, hogy információt adjanak értelmes egységekben, de nem lehetnek hosszabbak a szükségesnél. Epizódoknak nevezzük a tananyagegységeket, amelyek önállóan értelmezhetők, még üzenetértékkel rendelkeznek, de terjedelmük, nagyságuk olyan, hogy alkalmasak (képernyő)-üzenetként is működni. Az epizódok mérete összefügg a nódus méretével mind a hiper-, mind pedig a multimédiában. Céljuk, hogy információt adjanak értelmes egységekben, de nem lehetnek hosszabbak a szükségesnél.
A multimédia-alkalmazásokat megelőzvén a hipermédia készítésekor már komoly tapasztalatot szereztek a korábbi fejlesztők. "A hipermédia azt jelenti, hogy a tananyagot kis egységekre, ’nodusokra’ bontják le, amelyek úgy kapcsolódnak egymáshoz, hogy a felhasználó tud válogatni közöttük.

(CRAIG LOCATIS–JAMES CHARUHAS–RICHARD BANVARD: Hipervideo. Educational Technology Research and Development. 1990, Vol. 38. No. 2. 41–49. p. In: Médiakommunkáció.)

Az önálló tanulás helyzetében a tanuló általában "kettesben" van a tananyaggal, ezért a tananyagnak motiváló szerepet kell betölteni.
Összességében egy multimédiás tananyag lefolyási struktúráját az alábbii fő elemekkel jellemezhetjük:

1. BEJELENTKEZŐ KÉP (Címkép) - (Help, névjegy)
2. KÖSZÖNTÉS (Welcome) - (Tutor, demo program)
3. FŐMENÜ (Témakörök), MENÜPONTOK (Alfejezetek szükség szerinti bontásban)
4. TANTÁRGYI TÉMÁK, MODUL EGYSÉGEK
5. NÓDUS (csomópont, lap, képernyőnyi tartalmak)
6. EPIZÓDOK- ATOMI EGYSÉGEK (média objektumok; szöveg, kép, hang mozgókép)

Az ábrán a bekeretezett részben láthatjuk a tananyagmodulokat, amelyek összetett egységei a tananyagnak: "A tananyag szerkezetét mindig egységek alkotják, melyek egy-egy alkalomra tervezett modulokból állnak. Ez utóbbiaknak a tanulók számára egyszerre jól tanulhatóaknak kell lenniük." A modulok tartalma összetett kis egységekből (nódusokból), áll, ezeket pedig az epizódok alkotják. ROVENTREE (1990)